Mescolare gli ingredienti solidi: farina, cacao, cannella, sale e lievito. Frullare le mele nel mixer con il miele, unire l'olio, buccia di limone, buccia d'arancia, cioccolato, marsala e unire il composto agli ingredienti secchi, amalgamare bene il tutto. Unire anche i pinoli e le mandorle con la pelle tritata. Versare il composto negli stampini per muffin, riempire per tre quarti, disporre su ognuno 1 ciliegina candita e qualche mandorla senza pelle. Cuocere i muffin in forno già caldo a 180 gradi per circa 20 minuti.